В августе 1814 года по просьбе Варваци указом императора Александра I церковь была преобразована в Греческий Иерусалимский мужской монастырь с подчинением Иерусалимскому патриарху. Дополнительно И. А. Варваци построил два монастырских каменных дома, один из которых сохранился до наших дней как жилой дом (пер. Лермонтовский, 21).
В 1825 году император Александр I с супругой посетили монастырь, пожертвовав большую сумму на поддержание паломников в Иерусалим. После неожиданной кончины императора катафалк с его телом находился в главной монастырской церкви со 2 по 29 декабря 1825 года. В память этого по желанию императрицы Елизаветы Алексеевны в 1826 году на месте, где ранее стоял гроб императора, была установлена серая мраморная плита с врезанным в нее черным крестом, огороженная железной решеткой. В 1831 году перед храмом был установлен памятник Александру I работы скульптора П. П. Мартоса.
Иерусалимский монастырь являлся одной из главных достопримечательностей города. Но это не спасло его от разрушения. 7 апреля 1923 года монастырь был закрыт, началось его разграбление. В 1930 году Таганрогский исполком принял решение о сносе здания. В 1933 году на его месте был построен четырехэтажный жилой дом.
Сегодня об этом прекрасном здании напоминают почтовые открытки, на которых монастырь был запечатлен в конце XIX - начале XX века. В 2005 году на фасаде жилого дома была установлена мемориальная доска в честь утраченного Греческого монастыря.
